نشأت إدارة الصرف الصحي كإدارة تابعة لوزارة الأشغال والمرافق العامة في العام 1952م وكان مقرها في ديوان الحكم الإتحادي الآن، ومهمتها تنفيذ مشروع الصرف الصحي داخل مديرية الخرطوم آنذاك ، وكان أول مشروع تم تنفيذه هو مشروع مجاري الخرطوم والذي بدأ العمل الفعلي في تنفيذه أوائل الخمسينيات وهو عبارة عن منحة من الحكومة البريطانية والشركة التي قامت بالتنفيذ هي شركة ماربلس رديجواي والإستشاري شركة هوارد همفري .

 في أوائل الستينيات اضيفت منطقة العمارات الى الشبكة بالإضافة الى إستكمـــال محطة المعالجة بالقوز وبذلك غطت خدمات الصرف الصحي مساحة تقدر ب 15 كلم مربع اي مايعادل 1500 هكتار وبطول للشبكة في حدود 250 كلم من مواسير الإسبستوس .

أضيفت شبكة الصرف الصحي للمنطقة الصناعية بالخرطوم بحري وتم تشغيلها في أوائل السبعينيات بمساحة تقدر ب 8.8 كلم مربع ثم أضيفت لها لاحقا أحياء كوبر والواحة.علماً بأن نسبة المناطق التي تم تغطيتها بخدمات الصرف الصحي بالولاية لا تتعدى نسبة 7%

(من المنطقة الحضرية) .

الرؤية :

صرف صحي آمن ومستدام .

الرسالة :

توفير خدمة صرف صحي فعالة إقتصادية متطورة ومحافظة علي البيئة وفقا لمخطط رئيسي (Master Plan) بإستخدام التقنيات الحديثة المناسبة .

الهدف الإستراتيجي :

تغطية الولاية بمنظومة صرف صحي شاملة ومتطورة .

الاهداف الرئيسية  :

تطوير منظومة الصرف الصحي بالولاية .

إستحداث أنظمة الصرف الصحي اللامركزية .

تطوير أنظمة التشغيل والتأهيل والصيانة .